MacからSambaでWindows 7のファイルを読もうとした時に一部のファイルが表示されない

.DS_Storeファイルが変なタイミングで作られると、それ以降に同フォルダに追加したファイルが表示されなくなることがあるようです。
.DS_Storeを削除すれば解決しました。
このファイルはフォルダ毎に作成されるので、サブフォルダも含めてまとめて削除する必要があります。

Sambaで共有しているドライブに.DS_Storeを作らせないようにするには以下を実行する

defaults write com.apple.desktopservices DSDontWriteNetworkStores -bool true

出来てしまった.DS_Storeをサブフォルダ含めて削除するコマンド(Macのコマンドプロンプトから)

find (削除したいディレクトリパス) -name .DS_Store -exec rm {} \;