文字コード、改行コードをUNIX形式にする

QKCによる変換
コード変換にはQKCというフリーのツールがお勧めです。以下に変換方法を記します。QKCの詳細はココ
http://hp.vector.co.jp/authors/VA000501/

QKCソースをダウンロードしてビルドする、もしくは添付のqkcを適当なパスの通ったディレクトリにコピーする
find (検索開始Path) -name "*.c" | xargs qkc -e -u
find (検索開始Path) -name "*.h" | xargs qkc -e -u
これで完了!

QKCのバイナリをダウンロードしてくる
QKCを実行し検索したいフォルダ以下の*.c *.h Makefile *.mkをエクスプローラで検索する
ヒットしたファイルをすべて選択しQKCにドラッグ&ドロップする
QKCでEUC, LFを選択しておいて変換ボタンを押して完了!