FAT→NTFSへの変換方法

convertコマンドを使用する。
コマンド・プロンプトを起動し、次のように入力する。

convert ドライブ文字: /fs:ntfs

例)eドライブをFAT32からNTFSに変換したいとき
convert e: /fs:ntfs

注意：重要なファイルはバックアップを取っておいたほうが良い。
注意：Windows Vistaの場合はアクセサリ→コマンドプロンプトを右クリックして管理者として実行を選択しないと管理モードのコマンドプロンプトにならない
注意：NTFSで対応していない長いファイル名などは001などのファイル名に変換されてしまいますので注意が必要（本当に長いファイル名がNGなのか詳細は調べていない）

リファレンス
http://www.atmarkit.co.jp/fwin2k/win2ktips/350fat2ntfsconv/fat2ntfsconv.html